開業医の年収はいくら？勤務医との違いと診療科別の目安を公的統計で解説

開業医の年収は、無床診療所の院長（医療法人）で約2,872万円が目安です。本記事では医療経済実態調査などの公的統計をもとに、勤務医との違い、個人開業の損益差額、診療科別の収益、手取りの考え方を整理します。借入返済前の数字である点や退職金・年金の違いにも触れます。

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開業医の年収はいくら？まず公的統計の水準を確認

開業医の年収は、ひと口に「○万円」と断定できるものではありません。理由は、法人の院長として受け取る「給与」と、個人開業の「経営利益」では、数字の意味がまったく違うからです。

中央社会保険医療協議会の第25回医療経済実態調査（医療機関等調査）報告では、一般診療所の院長の平均給料年額＋賞与は次のとおりでした（clius.jp）。

立場	年収（給料年額＋賞与）の目安
無床診療所の院長（医療法人）	約2,872万円
無床診療所の院長（全体）	約2,898万円
有床診療所の院長（医療法人）	約3,232万円
診療所の勤務医（医療法人・無床）	約1,146万円
一般病院の医師（公立）	約1,551万円
一般病院の医師（国立）	約1,290万円
一般病院の病院長（公立）	約2,151万円

診療所の勤務医と院長の差はおよそ2.5倍。同じ「医師」でも、雇用される立場か経営する立場かで年収の水準は大きく変わります。参考までに、国税庁の令和7年分民間給与実態統計調査では民間の平均給与は487万円（男性597万円・女性342万円）です（nta.go.jp）。前提は異なりますが、比較のものさしとして年収指数もご覧ください。

個人開業の年収は「損益差額」で見る

ここが最も誤解されやすい点です。医療経済実態調査では、個人立の病院・診療所について開設者の報酬は「給与費」に含まれない扱いになっています。つまり上の表の「院長」は主に医療法人の理事長などに支払われた給与であり、個人開業医の実収入は表からは読み取れません。

個人開業の場合に見るべきは、医業収益から医業費用を差し引いた「損益差額（医業利益）」です。厚生労働省の第24回医療経済実態調査によると、入院診療収益を持たない一般診療所（個人）の平均損益差額は3,141万円で、前回（令和3年）の2,875万円から約300万円増えたとされています（medicalcenterjp.com）。

ただし、この損益差額は手取りではありません。所得税・住民税・社会保険料、借入返済、設備更新費などを支払う前の金額です。たとえば損益差額3,100万円の場合、税・社会保障負担を約35％（約1,085万円）、借入返済や投資に600万円を充てると、手取りはおよそ1,400万円前後という試算が紹介されています。借入が少なければ1,500万円以上、開業時の投資が大きいと1,200万円台になることもあるといいます。いずれも一概には言えない目安です。

開業医と勤務医で年収の「見え方」が違う理由

勤務医の手取り＝給与 − 税金 − 社会保険料
開業医の手取り＝売上 −（経費＋返済＋税金）
院長の賞与は年20万円前後と少なく、報酬の大半が月額に含まれる（勤務医は賞与200万円超のことも）
開業医の年収は借入返済前の数字であり、返済期間中は可処分所得が小さくなる
勤務医は退職金制度や厚生年金がある場合が多いが、開業医は自分で備える必要がある

勤務医側の水準も見ておきます。厚生労働省「賃金構造基本統計調査（令和6年）」によると、10人以上の医療機関で働く勤務医の平均年収は約1,338万円、手取りは約800万〜870万円と推定されています。開業医の手取りを1,400万円前後とすると、約1.6〜1.7倍という計算になります（medicalcenterjp.com）。手取り額の考え方は手取り早見も参考にしてください。

診療科別に見る開業医の収益目安

第24回医療経済実態調査では、一般診療所（個人・無床）の損益差額が診療科別に示されています（medicalcenterjp.com）。

診療科目	平均損益差額の目安
小児科	約3,018万円
皮膚科	約2,805万円
外科	約2,610万円
内科	約1,930万円
精神科	約1,141万円

診療科によって2〜3倍の差があり、小児科・皮膚科・外科は高め、精神科・内科は低めという傾向です。ただしこれは平均値であり、立地・患者数・自由診療の比率・スタッフ構成で大きく変わります。診療科だけで年収を決めつけることはできません。

開業医の年収を左右するコスト構造

年収の水準そのものより、運営コストの構造が手元に残る額を決めます。

人件費：診療所の費用で最大。看護職員・事務職員の配置が過剰だと固定費が重くなる
賃料：立地と面積。動かしにくい固定費
借入返済：内装・医療機器・電子カルテなど開業時の投資。返済期間中は可処分所得を圧迫する
レセプト業務の効率：返戻・査定が多いと実際の入金が減る
予約・受付の運用：待ち時間が長いと再診率が落ち、患者数が伸びにくい

開業後の患者数が安定するまでの数か月から数年は、収入が読みにくい時期です。開業後6か月分程度の運転資金を別枠で確保する進め方が、実務ではよく挙げられます。

まとめ：開業医の年収は「どの数字を見るか」で変わる

無床診療所の院長（医療法人）は約2,872万円、診療所の勤務医は約1,146万円。差は約2.5倍（第25回医療経済実態調査）
個人開業の実収入は給与費に含まれず、損益差額（平均3,141万円）で見る
損益差額は手取りではなく、税・社会保険・借入返済を引くと1,400万円前後になることが多いという目安
診療科・立地・自由診療比率で収益は2〜3倍変わる
退職金・年金は自己準備が必要で、年収の比較だけでは生涯の差は測れない

開業医の年収は平均値のばらつきが非常に大きく、個人差・地域差・法人化の有無で見え方が変わります。数字はあくまで目安として捉え、記事一覧から関連する年収・手取りの記事もあわせて確認してください。

よくある質問

開業医の年収は平均いくらですか？

見るべき数字によって意味が変わります。医療法人の無床診療所院長として支払われた給与は約2,872万円（第25回医療経済実態調査）。一方、個人開業では開設者の報酬が給与費に含まれないため、第24回医療経済実態調査の一般診療所（個人・無床）の平均損益差額3,141万円が参考になります。いずれも平均値であり、診療科・立地・規模による個人差が大きい点に注意してください。

開業医の手取りはどのくらいですか？

損益差額から所得税・住民税・社会保険料（合わせて3割台半ば程度が一例）、さらに借入返済や設備更新費を差し引いた額が手取りの目安です。損益差額3,100万円のケースでは、税・社会保障約1,085万円、返済・投資600万円として手取り1,400万円前後という試算が紹介されています。借入が少なければ1,500万円以上、投資が大きいと1,200万円台になることもあり、あくまで概算です。

開業医と勤務医の年収差はどのくらいですか？

給与ベースでは、診療所の勤務医（医療法人・無床）約1,146万円に対して無床診療所の院長（医療法人）は約2,872万円で、およそ2.5倍です（第25回医療経済実態調査）。手取りベースでは、勤務医の平均年収約1,338万円から手取り800万〜870万円と推定され、開業医の手取り1,400万円前後と比べると1.6〜1.7倍という見方もあります。ただし収入構造が異なるため単純比較には注意が必要です。

診療科によって開業医の年収は変わりますか？

変わります。第24回医療経済実態調査の一般診療所（個人・無床）の平均損益差額では、小児科約3,018万円、皮膚科約2,805万円、外科約2,610万円、内科約1,930万円、精神科約1,141万円と、2〜3倍の差が示されています。ただし立地・患者数・自由診療比率・スタッフ構成でも大きく変動するため、診療科だけでは判断できません。

開業医は退職金や年金はどうなっていますか？

勤務医は退職金制度のある勤務先が多く厚生年金にも加入していますが、開業医は退職金や老後資金を自分で用意する必要があるのが一般的です。そのため年収の額だけで生涯の収支を比べることはできません。備え方には複数の選択肢があり、個別の判断は税理士や社会保険労務士などの専門家に相談することをおすすめします。